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primer5破解版(在线设计引物) v5.0附激活教程

primer5是一款由加拿大Premier公司推出的引物设计应用软件,可以方便专业的人员进行PCR、测序引物、杂交探针的设计操作,集合了分为序列编辑窗口(genetank)、引物设计窗口(primer design)、酶切分析窗口(restriction sites)和纹基分析窗口(motif)、引物设计窗口、序列编辑窗口等,可以方便用户快速得出引物分析的结果。此外,软件还可以针对模板dna的来源以相应的遗传密码规则转换dna 和氨基酸序列,它有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,已被引物设计行业人士认为是一款相当不错的软件。本站提供primer5破解版,且附上了软件的注册程序,免费激活开启所有功能,如果你也需要它的帮助,那就快来下载收藏吧。
primer5.0破解版

软件功能介绍

1、软件的主要功能分四种,即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外,该软件还有一些特殊功能,其中最重要的是设计简并引物,另外还有序列"朗读"、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。
2、还可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择,有纤毛虫大核(Ciliate Macronuclear)、无脊椎动物线粒体(Invertebrate Mitochondrion)、支原体(Mycoplasma)、植物线粒体(Plant Mitochondrion)、原生动物线粒体(Protozoan Mitochondrion)、一般标准(Standard)、脊椎动物线粒体(Vertebrate Mito-chondrion)和酵母线粒体(Yeast Mitochondrion)。

primer5破解版安装激活教程

1、在本站下载primer5软件压缩包,将其解压后找到软件的文件夹,然后打开运行程序


2、打开软件后按照下图步骤,记录下id所指的数字

3、回到所解压出大文件中,双击启动注册机程序

4、输入刚才primer5中所给的数字,点击获取激活码

5、将获取的激活码,输入到程序的“Activation Key”中,然后点击“ok”

6、下图即是完成激活了,就可以开启primer5所用功能的使用了。

软件使用帮助

一、限制性酶切点分析及基元查找功能
1、其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能比较简单,点击该功能按钮后,选择相应的限制性内切酶或基元(如-10 序列,-35 序列等),按确定即可
2、常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到,你还可以编辑或者添加新限制性内切酶或基元
二、引物设计
1、打开DNA序列后点击按钮primer,出现“search criteria”窗口,有多种参数可以调整
2、搜索目的(Seach For)有三种选项,PCR 引物(PCR Primers)、测序引物(Sequencing Primers)和杂交探针(Hybridization Probes)
3、搜索类型(Search Type)可选择分别或同时查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer,或Both),或者成对查找(Pairs),或者分别以适合上、下游引物为主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外还可改变选择区域(Search Ranges),引物长度(Primer Length),选择方式(Search Mode),参数选择(Search Parameters)等等
4、使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求,建议使用默认设置。然后按search,随之出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时,再按OK,这时搜索结果以表格的形式出现,有三种显示方式,上游引物(Sense),下游引物(Anti-sense),成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式,并按优劣次序(Rating)排列,满分为100,即各指标基本都能达标
三、引物点击
1、点击其中一对引物,如第1#引物,并把上述窗口挪开或退出,显示“Peimer Premier”主窗口,所得结果分三部分,
2、模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下面是四种重要指标的分析,包括发夹结构(Hairpin),二聚体(Dimer),错误引发情况(False Priming),及上下游引物之间二聚体形成情况(Cross Dimer)
3、当所分析的引物有这四种结构的形成可能时,按钮由变成,点击该按钮,在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况
4、一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构,因此最好的情况是最下面的分析栏没有,只有。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度
四、引物修饰编辑
1、在需要对引物进行修饰编辑时,如在5’端加入酶切位点,可点击,然后修改引物序列
2、若要回到搜索结果中,则点击按钮。如果要设计简并引物,只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规则,反推至DNA 序列即可
3、对简并引物的分析不需像一般引物那样严格
4、总之,“Premier”有优秀的引物自动搜索功能,同时可进行部分指标的分析,而且容易使用,是一个相当不错的软件

primer5设计引物教程-primer5使用教程

获得基因序列后,打开primer 5.0

点击File-new-DNA sequence
粘贴cDNA序列-as is-ok

点primer

点search-调整如图参数(产物长度一般为100-300,引物长度一般为20左右,视情况调整)

点ok,弹出的新窗口也点Ok

弹出下图窗口后,先看右边,根据系统设计的引物进行筛选,优先评分较高的

注:S是上游引物,A是下游引物,sense,anti-sense最好都是None,再细看
①ΔG绝对值小于10
②tm在58左右,正负2度
③GC%在40%-60%
④末端不能是A
⑤不能有连续3个相同的碱基
⑥3’端一定不能有错配
【筛选原则】:
1、最好hairpin, dimer, false priming 没有
2、最好是没有连续相同碱基,如TTT、GGG
3、最好两个引物之间bp之差小于等于2,
4、产物长度大于100,小于300最好,也可以到400
5、tm在58左右,正负2度
6、一般设计时引物18-22长度,最长不要超过25
7、3’不能以A结尾
8、出现Found时,ΔG绝对值小于10
注:由于基因序列本身的差异,一般很难调到所有原则都满足,但是可以对系统给出的引物中的前几对进行调整,尽可能满足以上原则。
【如何调整】:

以系统给出的第一对引物为例(看框住的地方),虽然系统给出的评分比较高,但是下游引物可能出现发夹结构(Hairpin)和二聚体(Dimer),我们可以尝试调整一下。
首先点击左上角的A(Anti-sense),当图示的引物与A的颜色一直时,表示展示的是Anti-sense,然后把鼠标的光标放在引物的位置左右滑动,调整上下游引物位置。

下图是从3’往右移动了一个碱基,注意引物的长度会增加(只要是滑动了引物,改变了它的位置,长度就会增加,此时需要删除多余的碱基,到合适的长度)
点击Edit Primers,即可删除多余的碱基

弹出如下窗口后,光标点在①号位置,删除几个碱基后,
点击②号位置Analyze,点击③号位置ok

应该删除几个碱基?滑动之后多了5个碱基,一般是删除5个,但是下图我删除了6个,因为删除5个后末尾是A,我们在调整的时候可以多删,也可以少删,引物长度在合适范围即可

注意编辑引物时,只能从右边添加或删除碱基,如果想在左边添加或删除需要通过左右移动碱基的位置。有时候评分不错的上下游引物也可以调整,以下图为例,我想删掉5’端的一个C,降低GC含量

首先把光标放在引物的位置,将引物向后移动一个,看下图可以观察到引物向后移动了一个碱基,长度增加了,此时点击Edit Primers。

删除6个碱基后点击Analyze(分析)(删除几个碱基视情况而定)

最后的结果

5' CACTGACTGCCAGAAGACC 3'
5' TACTCGTTCCAGGACCACC 3'
【如何导出?先打开一个Excel文件】
点击Edit-copy-sense primer-粘贴
点击Edit-copy-Anti sense primer-粘贴

总结:根据系统给出的评分,看前几对引物是否是理想的引物,大部分情况不会都满足上述原则,需对前几对进行调整。(三步结合使用)
一:删除或添加末端碱基
二:拖动碱基的位置,向前移动一个或多个碱基或向后移动一个或多个碱基
三:点击Edit Primers,删除几个碱基后分析
终极大法:有时候调整了也达不到理想的效果,尝试耐着性子调整第一对,实在调不了,直接用第一对。
注:Win10系统使用时将输入法切换为英文,防止软件弹出。

软件特色

病理检测引物设计:可以用在高保区域设计引物
等位基因特效引物:设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物
种间交叉引物设计:利用来自多个物种的序列设计扩增引物
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primer5破解版(在线设计引物) v5.0附激活教程

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3人参与,3条评论
第3楼湖南省长沙市网友发表于: 2024-03-17 19:18:22
非常感谢
0盖楼(回复)
第2楼上海市电信网友发表于: 2019-03-02 22:22:48
谢谢啦
0盖楼(回复)
第1楼天津市南开大学教育网网友发表于: 2019-01-20 19:59:31
真好用
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