FastPCR是一款简单易用,功能强大的PCR引物设计软件。它为用户提供了一个集成的工具环境,为设计任何类型的PCR引物提供全面而专业的设计辅助工具,可用于分析硅片,pcr集成工具环境,PCR引物或探针设计等场合,包括各种生物信息学工具,还具备处理长序列和核酸或蛋白质序列组的能力,功能非常丰富,有需求的用户请下载安装!
软件功能
1、FastPCR软件是一个集成的工具环境,为设计任何类型的PCR引物提供全面而专业的设施,用于标准,长距离,反向,实时PCR(LUX和自我报告),多重PCR,Xtreme Chain Reaction(XCR),组特异性(用于遗传相关DNA序列的通用引物)或独特的(来自遗传相关DNA序列的特异性引物),重叠延伸PCR(OE-PCR)多片段组装克隆和LAMP(环介导的等温扩增); 单引物PCR(从密切定位的反向重复序列设计PCR引物),自动检测SSR基因座和直接PCR引物设计,氨基酸序列简并PCR,聚合酶链装配(PCA),平铺感兴趣区域的设计扩增子以及更多。
2、“ 计算机模拟”(虚拟)PCR引物或针对全基因组的探针搜索或计算机模拟PCR或可能的PCR产物的染色体预测列表以及搜索指定引物或探针的潜在错配位置。在一定范围内同时搜索多个目标。“ in silico ”寡核苷酸搜索有助于通过温度熔解和PCR退火温度计算发现靶结合位点。
3、可以设计长寡核苷酸用于微阵列分析,并且可以设计用于探针的双标记寡核苷酸,例如分子信标。
软件亮点
1、综合引物测试,标准和简并寡核苷酸的熔解温度计算,引物的PCR效率和语言复杂性,稀释和重悬浮计算器。
2、分析所有引物二级结构的引物(探针),包括与Watson-Crick碱基配对的替代氢键,例如G / C-四链体或摆动碱基对(如GG,GT,GA),发夹,自身二聚体和交叉 - 引物对中的二聚体。该软件利用所有工具的正常和简并引物的组合,并且用于熔解温度计算基于最近邻热力学参数。
3、FastPCR具有处理长序列和核酸或蛋白质序列组的能力,它允许每个给定序列的单个任务和参数,并连接单个运行的几个不同任务。它还允许序列编辑和数据库分析。
4、通过可视化开发并应用于程序的各种类型重复的高效和完整检测。
5、该程序包括各种生物信息学工具,用于分析具有GC或AT偏斜的序列,CG%和GA%含量和嘌呤 - 嘧啶偏斜,语言序列复杂性; 生成随机DNA序列,限制性I-II-III类型酶和归巢核酸内切酶分析,找到或创建编码序列的限制酶识别位点,并支持序列聚类和共有序列生成以及序列相似性和保守性分析。
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